Déterminer le sexe des jeunes sujets est une entreprise relativement ardue. Ils sont de très petite taille et leurs organes génitaux ne sont pas encore complètement développés. On peut commencer à distinguer les mâles des femelles à partir du septième jour.
En général, on se base sur la distance entre l’anus et les organes génitaux (vulve pour la femelle et pénis pour les mâles). Cette distance est plus réduite chez la femelle que chez le mâle. En outre, lorsqu’ils sont encore sans poils, on peut distinguer chez la femelle deux rangées de mamelles, qui correspondent aux quatre paires de glandes mammaires.
Les écureuils atteignent leur maturité sexuelle vers l’âge de onze mois. À l’âge adulte, les différences sexuelles s’avèrent plus évidentes, surtout dans la période de reproduction, entre février et septembre.
Durant cette période, les testicules du tamia mâle atteignent une taille notable (environ 3,5 cm) et deviennent clairement identifiables. Chez la femelle, la vulve placée tout près de l’anus augmente de volume et devient rouge et oedémateuse.
Le reste de l’année, les testicules, remontés dans la cavité abdominale, ne sont plus visibles et la vulve est moins évidente. Durant cette période, le sexe de l’animal se détermine à nouveau, en se basant sur la distance entre anus et organes génitaux.