Votre vétérinaire vous a mal conseillé et devrait réviser ses cours d'éthologie.
La chienne ne saisit ses petits par le cou qu'aux premiers jours de leur vie et ceci simplement pour les déplacer, jamais pour les réprimander. Donc prendre un chiot par le cou, le secouer, "comme le ferait sa mère" est faux et pourtant croyance largement répandue. La réprimande de la mère intervient plus tard, quand les chiots ont une psychomotricité avancée et ceci se passe par grognement ou morsure légère.
La position de soumission qui vous est proposée est aussi très mauvaise et utilisée hors sujet. Comme vous le faites, c'est une véritable agression pour votre chiot. Cette position est prise par la propre initiative du chien qui prend la décision d'adopter une position d'apaisement. Si c'est vous qui décidez à sa place, le message n'a plus de sens. Imaginez le scene suivante : un passant vous prend les mains, sans vous prévenir et vous impose de les mettre en l'air. Vous vous dites 'qu'Est-ce que c'est que ce dingue, qu'Est-ce qu'il me veut" et votre questionnement et agacement est justifié. Vous êtes dans une banque et il y a un braquage. De vous même vous levez les mains pour signifier à l'agresseur que vous ne tenterez rien. Dans cette situation vous vous soumettez à l'agresseur et pour votre cas, votre chien ne ressent que le cas de la première situation.
Donc revoyez votre façon de punir votre chiot et surtout analysez pourquoi et quand intervient votre punition. Est-ce des bêtises de par votre interprêtation humaine, Est-ce que c'est né du fait que vous mal anticipé une situation ou expliqué un comportement attendu, Est-ce juste et adapté...?