Menaces[modifier]Les menaces à l'origine de la disparition de l'espèce portent à la fois sur son habitat et sur les individus qui composent les quelques populations sauvages relictuelles.
Dans le premier cas, l'extension de l'urbanisation et des surfaces viticoles cause la disparition et/ou la fragmentation écologique des espaces naturels. Les tortues peuvent encore traverser les vignes ou se réfugier dans les haies, même si ces dernières ne sont pas des milieux de vie sûrs. Vient ensuite la dégradation de la qualité de ces habitats, par exemple par le débroussaillage anti-incendie qui tue ou blesse parfois les tortues, et ôte broussailles et buissons où elles vivent et ne laissent qu'une végétation rase qu'elles évitent. Les feux ne causent de dommages aux habitats que s'ils sont trop fréquents où ils finissent alors par épuiser les sols sur lesquels plus grand chose ne poussera.
À l'opposé, la disparition des traditions agricoles douces (pastoralisme, vergers et oliveraies entretenues à la main, vendanges manuelles...) peuvent entraîner dans le Massif une fermeture des milieux qui favorise la prédation sur les œufs alors tous concentrés dans les quelques endroits ensoleillés restants.
Les menaces directes sont les écrasements par les engins (de débroussaillage, tracteurs) et par les voitures), la prédation par les chiens domestiques et le ramassage par les particuliers. S'y ajoute les risques sanitaires et génétiques liés au lâcher ou à l'évasion de tortues captives (souvent exotiques ou hybridées), voire consanguines.
Autrefois, les tortues d'Hermann (ainsi que les cistudes) étaient consommées dans les monastères le vendredi, car elles n’étaient pas considérées comme de la viande mais assimilées à des poissons.
Cette tortue a pour principaux ennemis :
la dégradation de son habitat ;
l'extension des cultures agricoles et de l'urbanisme dans les communes bordant le massif des Maures ;
les véhicules motorisés ou pas (routes nationales et départementales, chemins forestiers) ;
les incendies annuels dans le Massif des Maures ;
les rotobroyeurs utilisés préventivement contre les incendies par les propriétaires de terrain, mais souvent sans aucun respect pour la faune présente ;
les chiens de chasse, les chiens errants et les chiens domestiques ;
le trafic et le prélèvement d'individus par les touristes et par les habitants ;
le relâcher d'individus par des acheteurs dépassionnés et par les habitants ;
l'élevage mal géré ou mal encadré :
la malfaisance humaine ;
la méconnaissance des besoins d'une tortue.