Bonjour,
Oui, deux litières sont toujours préférables, toujours maintenues propres, bacs javelisés chaque semaine, et disposées dans un coin calme, caché des regards. Enormément de problèmes de propreté sont dus à des litières insuffisantes en nombres, disposées dans un endroit stressant pour le chat, et non maintenues propres au quotidien. De plus, certains chats refusent de faire pipi et popo dans la même litière.
Il est important de retirer les déjections chaque jour, de rajouter de la litière propre afin d'avoir toujours une bonne épaisseur et de javeliser les bacs chaque semaine (les chats aiment l'odeur de la javel).
En revanche, si il s'agit bien d'une cystite, je vous conseille de respecter le traitement prescrit. Les cystites sont douloureuses. Beaucoup de cystites sont idiopathiques (sans cause organique), mais tout aussi douloureuses.