Même pour la nuit une cage n'est pas adaptée, un enclos est bien mieux.
Il permet au lapin de malgré tout avoir plus d'espace, et donc de moins le frustrer dans les moments où vous ne pouvez pas la surveiller, car effectivement à cet âge-là elle n'est pas encore éduquée il ne faut donc pas la laisser libre sans surveillance, et également où sera son futur coin à lui une fois les grilles enlevées.
L'éducation ne concerne pas que la propreté, mais aussi ne pas grignoter toutes les affaires, ce qui nécessite d'être tout le temps derrière elle en sorties au début pour lui donner les limites afin qu'elle sache ce qu'elle ne doit pas toucher et ce qu'elle peut détruire (indispensable de lui fournir de quoi se défouler).
Ces règles sont rarement intégrées correctement avant que le lapin ne soit mature et stérilisé (ils sont souvent très sages tous petits, puis testent et deviennent plus destructeurs vers 4-6 mois, et se calment ensuite une fois leur personnalité d'adulte affirmée).
Donc personnellement, bien que je sois à fond pour la liberté totale, je pense qu'il faut avant tout prendre les choses dans l'ordre.
Pour le canapé à 2 mois il y a peu de chances que ce soit du marquage, en revanche oui certains lapins ne savent pas se retenir sur les surfaces moelleuses. Le seul moyen est de lui en interdire l'accès en lui répétant inlassablement, et de le protéger pour éviter que les accidents ne soient trop embêtants.