A mon avis, il faut surtout poursuivre la socialisation de votre chienne. Les bergers et les bouviers ont tendance être méfiants avec les étrangers, c'est dans leurs gènes. Ce comportement de prévenir lors de l'arrivée d'un inconnu, surtout si vous êtes dans un endroit isolé, est tout à fait habituel... ça ne l'en rend pas moins embêtant, surtout quand on a un gros chien (pouvant être impressionnant pour les inconnus en question) et surtout si celui-ci commence à prendre l'initiative, en plus d'aboyer, d'aller au contact (ce que j'ai moi même vécu avec un de mes chiens, qui dans la situation que vous décrivez - plage isolée - ne se serait pas contenté d'aboyer mais aurait chargé agressivement la personne).
Si on veut rendre ces chiens plus à l'aise que la moyenne, il faut pousser plus loin la socialisation (qu'on ne le ferait avec des races plus amicales comme le labrador, boxer, etc). En particulier vers cet âge charnière (entrée dans l'adolescence) où ces chiens, malgré une bonne socialisation initiale, peuvent devenir plus méfiants, suspicieux.
Il faut lui apprendre, petit à petit, que n'importe quel inconnu croisé en balade fait partie du paysage. Donc l'exposer, l'exposer, encore et encore, en douceur, à toutes ces situations qui pourraient poser problème (vous êtes dans un endroit isolé / un inconnu arrive). Ne pas hésiter à lui parler, notamment la prévenir, en lui montrant au loin la personne qui arrive afin qu'elle ne se retrouve pas soudainement surprise par sa présence, puis la rappeler vers vous, ou continuer votre route, pour bien lui signifier qu'il n'y a pas lieu de s'inquiéter, que la vie continue, que cet événement n'en est pas un. Bref : banalisez tout cela.
Si vous avez des groupes de balades canines organisées d'en votre région, ou des parcs à chiens, ça peut être un moyen très simple de lui faire rencontrer davantage d'humains (qui n'auront pas peur des chiens, car eux même propriétaires), de l'habituer à tout type de profils. Moi ça m'a été très utile notamment pour habituer un de mes chiens aux enfants, sachant que je n'en ai pas. Sinon mettez à contribution vos amis, votre famille élargie... pour faire en sorte que votre chienne ait un maximum de contacts positifs (jeux, friandises, etc) avec des humains de toute sorte, en dehors de votre cercle familial restreint.
Malgré tout, gardez à l'esprit que vous ne changerez jamais en profondeur l'instinct de protection votre chien, et qu'il faudra toujours être un peu vigilante quand vous vous baladez dans des endroits isolés, où il sera toujours plus à même de réagir contre un inconnu qui semble "sortir de nul part".