En fait ça dépend de ce qu'on appelle "instinct de garde".
S'il s'agit juste d'aboyer lorsque quelque chose d'inhabituel se produit dans l'environnement ou lorsqu'un inconnu approche du domicile, alors oui il y a bien un instinct. L'instinct consiste juste à alerter qu'un "intrus" approche du territoire.
D'après ce que j'ai pu lire, ce comportement se développe chez la plupart des adultes, ça fait partie de sa panoplie de communication normale.
Je ne pense pas qu'il faille chercher à restreindre ou à développer outre mesure ce comportement tant qu'il n'est pas problématique.
Par exemple, ma chienne va aboyer à l'approche d'inconnus, mais lorsque je je lui fait savoir que tout va bien, elle s'arrête. Si j'avais un chien extrêmement aboyeur qui ne savait pas s'arrêter, alors je lui apprendrais.
La défense c'est encore autre chose. Je ne sais pas si ma chienne serait capable de défendre ma maison ou moi-même parceque je n'ai jamais testé ça chez elle ni cherché à travailler là dessus.
Apparement on peut tester ça par une mise en scène : le maître s'allonge au sol et fait mine de s'endormir, un peu plus tard un inconnu doit s'approcher afin de voir si le chien à tendance à faire barrage ou pas entre son maître et la "menace" extérieure. Ce genre d'expérience peut être intéressante juste pour mieux connaître son chien, ses aptitudes et son seuil de réaction. Cela dit, ça donne juste quelques renseignements sur les aptitudes de base du chien, ça n'en fait pas un chien de défense pour autant (un chien de défense implique une formation professionnelle).
Pour ma part j'ai une chienne très sûre d'elle, qui a tendance à aborder les chiens comme les personnes de façon assez directe et frontale. Donc je travaille surtout à lui apprendre à respecter l'espace d'autrui et se modérer. Je ne vais surement pas l'encourager à aboyer sur des passants à la nuit tombée par exemple (ce qui peut lui arriver car sa vigilance augmente le soir).
Pour revenir aux questions posées : avoir un chien bien socialisé et accueuillant, c'est très positif. Tout ça dépend aussi de l'environnement dans lequel vous vivez, s'il y a sans arrêt du passage autour de chez vous, le chien peut s'habituer et intégrer l'agitation comme normale, donc il ne vas pas relever.
D'autre part, le chien perçoit énormément de choses invisibles, il peut notamment "sentir" le stress, l'exitation, l'agressivité, etc. Donc dans une certaine mesure, l'intention d'une personne.