Le marquage de territoire c'est simplement les hormones, à 6 mois + en contact avec un mâle c'est normal. Idem son caractère qui s'affirme, elle devient simplement adulte.
Cela dit j'avoue ne pas comprendre pourquoi vous n'êtes pas déjà chez le véto ne serait-ce que pour contrôler que tout va bien et qu'elle sera assez grande pour mettre bas sans souci. La stérilisation d'urgence était aussi une option juste après la rencontre involontaire, comme elle est assez âgée pour l'opération.
Le nid est fait dans les heures, au pire les jours qui précèdent la mise bas, donc normal qu'il n'y ait rien quand bien même elle serait pleine.
Séparez bien vos 2 lapins, il ne faut pas que le mâle ait accès aux petits.