Je pense qu'il n'a plus confiance en toi car tu as dû lui faire peur en essayant de le prendre. Les lapins n'aiment pas souvent être pris, surtout quand tu arrives par en haut et que tu le prends sous le ventre, ça fait prédateur qui va le manger.
Donc il faut que tu recommences l'apprivoisement. Tu te mets toujours à hauteur de la cage quand tu t'approches, donc si elle est au sol tu t'assoies par terre ou tu te mets à genoux. Et tu n'essayes pas de l'attraper. Essaye plutôt de lui faire comprendre qu'il peut te faire confiance en lui donnant à manger et de l'attirer à toi de cette façon, avec des légumes qu'il aime. Ensuite petit à petit tu pourras le caresser et ça ira de mieux en mieux.
De toute façon il ne faut pas le brusquer et jamais le forcer à venir vers toi, la décision doit toujours venir de lui.
Ensuite, la taille de ta cage est minuscule ! Même pour un cochon d'inde on conseille 1 mètre minimum, donc pour un lapin (même nain), la cage doit être encore plus grande (1,20 mètre ou 1,40 mètre je ne sais plus, mais un autre membre le dira ;) ). Là il doit à peine avoir la place pour se retourner ou pour faire un pas.
Il est urgent que ton lapin ait une cage plus grande sinon il ne se sentira pas bien et sera plus difficile à vivre.
Pour l'endroit où il dort... C'est bien d'avoir enlevé la ouate. Après c'est lui qui décide où il dort, il peut avoir envie de dormir parfois à l'intérieur, parfois à l'extérieur de son nid, ce n'est pas grave.