J'ai eu des soucis quasi similaires avec ma grande minette, qui defequait ailleurs que dans la litière.
Nous avons vérifié auprès du vétérinaire qu'il n'y avait pas de problème somatique.
Cette fois, c'était en raison du comportement du plus jeune, une fois celui-ci calmé et surtout moins harcelant, elle y est retournée.
Nous avons imaginé qu'il avait dû l'embêter alors qu'elle se trouvait dans la caisse.
Puis ça a recommencé, et il s'avérait qu'elle avait mal au dos, une fois traitée plus de problème .
Avez-vous changé de marque ou de type de litière ? Cela peut jouer aussi.
Mais j'ai eu un chat qui était malpropre, en lien avec une cystite. Dans ce cas le chat associe la douleur à la litière elle-même, d'où la nécessité je pense de vérifier.