Bonjour,
Difficile de vous répondre. Pour moi, il est évident que le chat associe votre fils à une expérience négative. Il est possible que quelque chose soit arrivé sans que vous ne l'ayez vu, il est possible aussi que votre chat ne soit pas fan des enfants (cris, gestes, odeur, etc...).
Je n'ai malheureusement pas grand chose à vous proposer à part ne pas empêcher votre chat de fuir car ça ne ferait qu'empirer le problème. Et de voir comment les choses évoluent à moyen terme, car il est possible que ce rejet ne soit que passager.