Ne t'inquiète pas, ton chat retrouvera sans problème le chemin de sa litière s'il est enfermé. J'ai exactement le même cas, ma minette ne va plus que dehors (extrêmement pratique), mais lorsque je pars travailler je l'enferme chez moi pour plus de sécurité, et il est déjà arrivé que je revienne et que je trouve un "cadeau" dans la litière.
Je pense que mon chat (et sans doute le tien aussi donc) aime particulièrement le côté hygiénique des besoins au grand air (on enterre tout, c'est biodégradable, c'est discret, pas d'odeur dans la maison là où il dort/mange) et du coup ça la contrarie de devoir utiliser la litière quand elle n'a pas le choix, mais quoiqu'il arrive elle fera là où c'est le plus hygiénique.