C'est peut-être une allergie à qqchose en effet, et il est aussi possible qu'elle ait encore des piqûres de puces qui la démangent. Il y a des années on avait eu une invasion de puces avec mon premier chat, on avait tous été piqués sur les jambes avant de réussir à exterminer ces saletés, et je me souviens que nos piqûres sont restées visibles et gênantes pendant bien 1 mois et demi (quel cauchemar d'ailleurs).
Une chose est sûre, un chat en bonne santé et sans parasites ne se gratte pas autant que tu le décris, donc il y a forcément une cause.